Des orangs-outans et des hommes

“Grau, teurer Freund, ist alle Theorie und grün des Lebens goldner Baum.” “Grises sont toutes les théories, cher ami, et vert l’arbre d’or de la vie.” Faust, Goethe

Les eaux émeraudes et ocres de l’Océan Indien et de la Mer de Chine assurent un climat chaud et doux toute l’année à l’Insulinde, vaste ensemble géographique d’îles comprises entre le continent asiatique et l’Australie. La flore et la faune exceptionnelle confère aux lieux le nom de Sundaland. 50 millions d’indonésiens et 7 500 orangs-outans peuplent Sumatra, île allongée, montagneuse et volcanique. Plus à l’est, Bornéo, troisième plus grande île au monde, environ de la taille de la France, comprend trois états. Au nord les provinces de Sarawak et Sabah malaises (en vert) entourent le petit état de Brunei. Au sud Kalimantan, le nom de la partie indonésienne de Bornéo, inclue cinq provinces dont le découpage reflète les bassins versants de fleuves nommés Kapuas, Pawan, Mendawai, Banto, Mahakam. Au total, 18,6 millions d’habitants et 54 000 orangs-outans peuplent Bornéo. 

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Carte de l’Indonésie et de la Malaisie

Forêt vs huile de palme

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Canopée de Bornéo : Lien

La déforestation débutée dans les années 60 constitue un sujet majeur non seulement pour les peuples autochtones, mais encore pour la biodiversité et pour le climat global. Les forêts absorbent d’importantes quantités de gaz carbonique et leur disparition contribue à augmenter  le réchauffement climatique. La déforestation contribue à hauteur de 17% aux émissions globales de carbone, plus que l’ensemble des moyens de transport réunis.

Les forêts de Sumatra et Bornéo s’avèrent menacées par les coupes forestières illégales. Tout d’abord des chemins forestiers sont tracés. Des entrepreneurs légaux et illégaux sélectionnent et abattent les arbres. Dans les années 2000, l’exploitation forestière à Bornéo fut la plus importante qui ait jamais existé sur terre, dépassant en volume celle de l’Amazonie. Lorsque les lieux s’avèrent propices, des coupes à blanc sont suivies d’incendies allumés dans le but d’assécher les tourbières. Le terrain devient alors prêt à la plantation de palmiers à huile. En automne 2015, des incendies de forêt déclenchés en grand nombre provoquent une pollution atmosphérique d’importance régionale. Bornéo et Sumatra sont enfumés et voient brûler en un mois l’équivalent de la superficie de la Bretagne. 

Le palmier à huile originaire d’Afrique tropicale est grandement amélioré génétiquement en vue d’accroître la production et la résistance aux maladies. Des plans hybrides conduisent à des rendements moyens de l’ordre de 3,7 tonnes à l’hectare. L’Indonésie et la Malaisie assurent 80% de la production mondiale d’huile de palme, alors que la production pour des usages alimentaires, cosmétiques ou en biocarburants concerne les pays développés comme les Etats-Unis, le Japon, l’Europe et la Chine essentiellement.

Étendue de la forêt et production en huile de palme, 1964-2006

Étendue de la forêt et production d’huile de palme, 1964-2006, données USDA FAO

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Evolution des émissions mondiales de CO2 dues à la déforestation, de 1850 à 2005, en millions de tonnes de carbone : Lien

Le poids du commerce, la puissance des états

L’Indonésie devient membre du GATT en 1950, suivie par la Malaisie en 1957. Les deux nations rallient l’OMC en 1995. Les ressources végétales tropicales exportées incluent les bois, la pâte à papier, l’huile de palme, le caoutchouc, la noix de coco, le thé et le café. Des entreprises indonésiennes et malaises, en relation avec des firmes chinoises, australiennes, américaines tout autant que françaises ou néerlandaises investissent, coupent et plantent.

Des compagnies telles que Sinar Mas Group, Asia Pulp & Paper, Samling group, Golden Agri-Resources voient leurs activités destructrices de l’environnement dénoncées par plusieurs ONG. Des industriels associés au WWF, conscients de la nécessité d’infléchir les méthodes de production mettent en place des certifications de leur caractère légal et durable. Pour les industriels occidentaux, il s’agit d’agir et de créer une image de marque en vue d’obtenir la confiance des consommateurs. La production illégale représente également pour les états indonésiens et malais un manque à gagner sous forme de taxes non perçues.

Marché majeur du commerce du bois, l’Europe vote en 2003 le programme « Forest Law Enforcement Governance and Trade » (FLEGT) dans le but de lutter contre l’abbatage illégal. L’Indonésie propose en réponse en 2009 une assurance du caractère légal du bois sur toute la chaîne de production dite « Timber Legality Assurance System » (TLAS). Les premières licences d’exportation FLEGT sont octroyées par les autorités indonésiennes en 2016 et validées en France par le Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et des Forêts, et vérifiées par les douanes. Des labels tels que le FSC (Forest Stewardship Council) ou le PEFC (Programme for the Endorsement of Forest Certification), obtenus par les industriels auprès d’organismes tiers spécialisés informent les consommateurs du caractère légal des bois fournis. 

Mise au point avec les industries du secteur en 2004 à l’initiative du WWF, la RSPO (Roundtable on Sustainable Palm Oil) garantit des conditions de production responsable de l’huile de palme. Il apparaît cependant que ces seules initiatives de certification ne parviennent pas à réellement infléchir pour l’instant le problème des coupes illégales et des productions d’huile non durables. Une faible part des ventes est certifiée. Des questions de validation sur le terrain des certificats délivrés et d’application adéquate des lois indonésiennes et internationales se posent. Les conflits d’intérêt au niveau des états comme des organismes susceptibles de délivrer des labels n’incitent pas toujours à la confiance, comme peuvent le mettre en évidence des enquêtes journalistiques.

Géopolitique de l’environnement

Le programme REDD des Nations Unies tente depuis 2008 de prévenir la déforestation et les feux de forêt afin de lutter contre le réchauffement en cours. Des incitations positives – des subventions, sont proposées aux états actifs dans ce domaine. En 2010, la Norvège signe un partenariat avec l’Indonésie en vue de financer un moratoire sur la déforestation et l’assèchement des tourbières. Le financement provient de fonds générés par l’exploitation des puits pétrolier en Mer du Nord. Les autorités norvégiennes reconnaissent en 2016 après transfert de 60 millions de dollars que l’efficacité de cette approche descendante (top-down) semble faible, non suivie d’effets sur le terrain et susceptible d’attiser la corruption fréquemment liée à la déforestation illégale. 

Des politiques nationales françaises troublent les partis écologistes. Alors que l’Europe envisage d’arrêter son soutien à la production de biocarburants à partir d’huile de palme, des autorisations sont accordées en France afin d’améliorer les capacités de transformation de la raffinerie de La Mède. Les deux pays d’Asie du Sud-Est se montrent actifs en termes de lobbying en vue de défendre leurs intérêts dans le commerce des bois, papiers et huile de palme. Entre préservation des intérêts occidentaux et sauvegarde de la biodiversité à l’autre bout de la planète, les choix s’avèrent délicats.

Au niveau international, Interpol s’active notamment sur les sujets des commerces illégaux de bois et des trafics de faunes tropicales. Lancé en 2012, le projet LEAF vise à identifier les criminels et les modes opératoires alors que la valeur des échanges illégaux de bois est estimée globalement à 152 milliards de dollars par an. D’autres programmes, en collaboration notamment avec le Fonds International pour la Protection des Animaux (IFAW), visent à identifier et démanteler des réseaux impliqués dans le trafic d’espèces sauvages d’origine tropicale.

Sur le terrain, plusieurs ONG s’engagent dans des approches ascendantes (bottom-up), poursuivies sur le long terme. La déficience des cadastres de Bornéo et le faible respect des droits coutumiers conduit à de fréquents litiges, coûteux à défendre devant les tribunaux. Certaines associations assistent des petits propriétaires spoliés par certaines palmeraies industrielles en vue de recours devant les tribunaux. D’autres s’engagent dans une reforestation écologique dans laquelle de multiples espèces végétales sont plantées dans des parcelles protégées. Des organismes non gouvernementaux, comme à Sabah l’association dirigée par Marc Ancrenaz, envisagent la possibilité de préserver durablement l’orang-outan dans un environnement partiellement dégradé. En Europe, l’appel au boycott des produits dérivés de l’huile de palme rencontre un vif succès. Des maires prônent des cantines sans huile de palme et voient leur action fortement médiatisée.

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Transport de bois coupé illégalement en direction des Etats-Unis, de l’Europe et de la Chine : Lien

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Production (en beige clair) et consommation (en bleu) d’huile de palme en 2009

Des gouvernements et des hommes

En 2007, la déclaration des droits des peuples autochtones est votée par 143 pays incluant l’Indonésie et la Malaisie. 50 à 70 millions de personnes sur 265 sont considérées autochtones en Indonésie. Les peuples autochtones – les Dayaks – de même que des populations arrivées plus récemment des îles et du continent peuplent Sumatra et Bornéo. Les Dayaks dont les droit territoriaux sont reconnus cultivent de petites parcelles, tandis que d’autres cherchent un emploi ou vivent de commerce.  En Indonésie et en Malaisie, l’adat désigne l’ensemble des codes et règles traditionnels, en général non écrits, qui régissent les rapports entre les personnes, les questions matrimoniales et patrimoniales, les rapports entre les communautés. Des règlement comme les dates de pêche sont fixés dans des assemblées villageoises.

Au centre de Bornéo à la frontière de Sarawak et Kalimantan, 200 Punan sur 16 000 environ poursuivent un mode de vie semi-itinérant, basé sur la cueillette et la chasse en forêt équipés de sarbacanes et de redoutables flèches empoisonnées. Il voient leurs territoires envahis par des compagnies forestières soutenues par des autorités parfois convaincues de corruption. L’exemple à cet égard de l’ancien premier ministre malaisien Najib Razak mérite d’être cité. Des accusations de détournement portant sur 4,5 milliards de dollars pèsent sur l’homme d’état non réélu en 2018. Le rétablissement des droits des communautés autochtones basé sur l’établissement de cartes constitue un élément clé de la réussite de politiques environnementales durables.

A l’étude de Pongo, avec Uexküll

Le grand singe roux dont la taille des bras dépasse celle des jambes se déplace lentement  dans les forêts de faible altitude, en des lieux reculés, parfois marécageux ou escarpés de Bornéo et Sumatra. Les orangs-outans se montrent naturellement farouches. Les individus sauvages tentent volontiers de repousser les intrus qui croisent leur chemin. Physiquement puissants, ils ne sautent pas, évoluent bruyamment d’arbre en arbre. Ils se servent du balancement des tiges pour se déplacer et explorer la forêt. Ils ne savent pas nager et sont contraints par le parcours des rivières et des fleuves. Les biologistes caractérisent trois espèces : Pongo pygmaeus à Bornéo, Pongo abelii et Pongo tapanuliensis à Sumatra. Partons si vous le voulez bien à la découverte des écosystèmes préservés de Bornéo et Sumatra.

Nous nous munirons pour mieux comprendre ces jungles denses et riches en biodiversité d’un guide philosophique mis au point par Jakob von Uexküll afin de tenter de mieux comprendre le comportement des animaux et des hommes, voire des végétaux. Dans son livre paru en 1934 et disponible en une édition française sous le titre Mondes animaux et monde humain la notion d’Umwelt est développée. Umwelt peut être traduit par Monde perceptif, Monde propre ou bien Monde sensoriel, milieu proche perçu. Le comportement d’animaux tels que la tique, l’oursin, l’amibe, la méduse, le ver marin, le poisson, les abeilles peut alors être appréhendé d’une manière particulière.

Pour Uexküll, les animaux pas plus que les hommes ne doivent être considérés comme des machines ou des objets. Chaque espèce dispose d’un Umwelt particulier, de sa propre perception du monde, fonction de ses capacités sensorielles à percevoir le milieu et à traiter les informations qui lui parviennent ainsi. Hommes et animaux deviennent alors sujets. Leurs systèmes de perception guident leurs intentions, les comportements individuels et collectifs et les actions. Le biologiste et philosophe contribue à fonder l’éthologie. Sa démarche précède par certains de ses aspects théoriques celle des cybernéticiens, mais se fonde sur la pratique, l’observation de la nature et de l’homme, plutôt que celle des machines. Nous nous intéresserons bien sûr à la perception de l’information et de la communication et à sa transformation en action. Uexküll aime à citer ces quelques mots de Werner Sombart :

“Il n’existe pas de forêt en tant que milieu objectivement déterminé. Il y a une forêt pour le forestier, une forêt pour le chasseur, une forêt pour le botaniste, une forêt pour le promeneur, une forêt pour l’ami de la nature, une forêt pour celui qui ramasse du bois ou celui qui cueille des baies, une forêt de légende où se perd le petit poucet”.

L’histoire de Bornéo, comme celle de toutes les îles, semble double. Il y a la zone côtière des ports, des mangroves et des plages. Tel Joseph Conrad aux avant-postes du progrès, on y rêve de découvertes, de commerce et d’or. C’est le lieu des marins, des pirates, des pêcheurs, des commerçants. Et puis l’intérieur des terres et les forêts primaires, défendues depuis toujours par les Punan, lieu de vie de l’emblématique homme des bois au parcours de son territoire, de son existence. Métaphore binaire de ce que sont tous les êtres vivants ? Appétit de nouveaux espaces et sentiment d’appartenance, goût de liberté et de possession ? Partons à la découverte de ces deux îles sous les alizés et les moussons. A quoi rêvent les orangs-outans, là-bas ? 

  • Mondes animaux et monde humain, von Uexkuell, 1965 : Lien

Vidéos

  • Un orang outan se déplace en forêt de branche en branche. Orangutan tree sways, 2012, 1:42, Lien
  • Un orang-outan mâle de Bornéo sélectionne et casse des branches. Il les accroche autour de son cou. Bornean orangutan making necklace, 2017, vidéo 1:35, Lien
  • Le cri long d’un mâle dominant de Bornéo. Adult male Bornean orangutan long call, 2015, vidéo 0:54, Lien
  • Von Uexküll – Les relations aux animaux CH.1 EP.11, 14:35, Lien, Restez sauvages !
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Orang-outan mâle : Lien

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La main : Lien

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L’homme des bois : Lien

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Rivière de Bornéo : Lien

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Schéma du « monde intérieur propre » (Innenwelt) publié par von Uexküll en 1920. La boucle de rétro-action chère aux cybernéticiens est mentionnée : Lien

Voir aussi

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Les singes peuvent ils lire ?

« Nous sommes juste une race avancée de singes sur une planète mineure d’une étoile très ordinaire. Mais nous sommes capables de comprendre l’Univers. Cela fait de nous quelque chose de très spécial. » Stephen Hawkins, 1988

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En moyenne, la réalisation d’une baguette pour capturer des termites ou des fourmis nécessite au minimum trois modifications par rapport à la branche initiale, chimpanzés exerçant conjointement leur attention, Lien

Parmi les 188 espèces actuelles de primates, nous savons bien qu’une seule est capable de s’exprimer en plusieurs milliers de langues offrant de riches sémantiques. Seul les humains peuvent fabriquer en masse des vêtements seyants, des objets utiles, des nourritures sophistiquées, des bateaux, des voitures et des avions. Seul l’homme peut s’adapter rapidement à de multiples contextes, se réunir en foules, mener à bien des entreprises, organiser des marchés, faire prospérer des capitaux, bâtir des villes ou conduire des politiques. Il peut alors sembler vain de chercher chez d’autres espèces les traces de cette technique de mémorisation et de calcul, de cette forme de culture qu’est l’écrit.

Un environnement particulier s’avère en effet nécessaire à l’apprentissage et à la pratique de la lecture et de l’écriture. Des gestes, des langages et des grammaires doivent être acquis dès le plus jeune âge pour que les actions codifiées du regard et de la main deviennent instinctives et efficaces. L’écriture matérialise la pensée, décrit les gestes et les intentions, codifie le langage. Culture matérielle, elle est aussi le produit de l’interaction entre un être vivant et un médium. L’observation des prémisses de cette activité chez les grands singes se limitera donc à l’observation de quelques traits de comportement naturel, à la description de rares expériences d’apprentissage difficilement reproductibles mais significatives.

Les singes, comme le remarque Darwin dans L’expression des émotions chez l’homme et les animaux, partagent avec l’homme des expressions corporelles et faciales, signes de leurs intentions et émotions, mode de communication immédiat conservé par l’évolution. Ils vocalisent, développent dans les arbres et au sol des comportements, des structures sociales, des langages corporels et des cris adaptées à leur environnement et à leur mode de vie. Des signaux particuliers servent d’alerte face aux prédateurs par exemple. Des cultures spécifiques à certains groupes sont mises en évidence chez les primates. Ils sont capables d’empathie et peuvent résoudre des problèmes relativement complexes.

Les grands singes sont caractérisés par leur main préhensile incluant un pouce opposable. Les doigts, la main et le bras jouent également le rôle d’outil de communication. Le pied remplit les mêmes fonctions. Une femelle chimpanzé peut par exemple demander à son petit de grimper sur son dos en faisant un geste du pied, tout en poursuivant sa marche au sol. Les outils manipulés incluent des pierres, des tiges, des lances, des feuilles et des mousses. Certains gorilles, orangs-outans et chimpanzés se soignent à l’aide de plantes. Des feuilles mâchées, écorces et tiges de plantes particulières sont utilisées pour leurs propriétés antiparasitaires ou anti-inflammatoires. En matière de primatologie, les travaux fondateurs et sur le terrain de personnalités comme Dian Fossey, Jane Goodall, Birutė Galdikas ou Takayoshi Kano sont complétés par des expériences de cognition menées en laboratoire sur de longue durées.

L’environnement naturel doit être en effet expressément distingué de la semi-liberté ou de la captivité. Les changements de comportement induits s’avèrent majeurs. Des expériences cognitives menées en laboratoire dans les années 70 et 80 sur des individus tels que Chantek (orang-outan), Koko (gorille), Washoe ou Kanzi (chimpanzés) fournissent de nombreuses indications sur les possibilités et les limites des grands singes. Ceux-ci nous ressemblent par de très nombreux points, mais sont possiblement dangereux parvenus à l’age adulte. Leur force physique est supérieure à celle de l’homme. Ils n’en possèdent pas moins des valeurs intellectuelles, morales et politiques. Qualités qui soutiennent les arguments des antispécistes.

Par ailleurs, toutes les espèces de grands singes sont actuellement en danger d’extinction. Les animaux complètement sauvages deviennent rares. Ils servent de viande de gibier, sont vendus comme animaux domestiques ou animaux de zoo. Les primates sont considérés en laboratoire comme des modèles de l’homme et servent lors d’essais pharmaceutiques ou neurologiques. Impactant le climat global, la déforestation des forêts équatoriales primaires gagne en ampleur. Les singes nous interrogent au présent, sur la gestion de leurs territoires, sur leur place dans l’anthropocène.

Au cours de cette première saison dont voici le premier épisode, nous partirons sur les traces de l’écriture … chez les grands singes. Des vidéos essentiellement documentaires sont compilées. Elles concernent le comportement social, les vocalisations et la manipulation d’outils chez l’orang-outan, le gorille, le chimpanzé commun et le bonobo dans la nature et en laboratoire. Parce que les singes sont des animaux sociaux et qu’ils effectuent des tâches complexes, les modes et temps de parenté, les effets de groupe de même que les aspects culturels seront particulièrement examinés.

Des relations génétiques réunissent tous les primates. L’âge du dernier ancêtre commun peut être estimé en millions d’années, si bien que la comparaison équivaut à une sorte de voyage temporel dont le but serait de tirer en comparaison le portrait du dernier ancêtre commun, un portrait non seulement physique mais aussi comportemental.  

Serait il possible que nous soyons juste une race avancée de singe, douée pour la lecture et l’écriture – parmi d’autres ? 

Liens

People

Vidéos

  • Gaining the trust of the gorillas, Dian Fossey, 2:50, Lien
  • Interview : comment sauver les primates de l’extinction ? Annette Lanjouw, 2016, 5:14, Lien
  • Animaux trop humains : L’animal et l’outil, France 5, 2016, 52:03, Lien

Textes inspirants

  • L’expression des émotions chez l’homme et les animaux, Darwin, 1872, Lien
  • Ce demi-siècle d’éthologie, Michel Kreutzer, 2015, Lien
  • Flexibilité et intentionnalité dans la communication gestuelle chez les grands singes, Catherine Hobaiter et Richard W. Byrne, 2013, Lien
  • Théorie de l’esprit et communication chez les primates non humains, Laure Legrain, 2013, Lien

Voir aussi

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Accroché à des branches en surplomb de la rivière, un orang-outan de Bornéo frappe l’eau avec une canne, sorte de prolongement de sa main et de sa pensée. Le but est d’effrayer un poisson de telle sorte que celui-ci saute accidentellement sur la rive. Il sera alors attrapé et mangé : Lien 1, Lien 2

Gorilla

Les grands singes nous questionnent sur leur futur dans la nature. Gorille au regard énigmatique photographié au zoo de Cincinnati, Lien

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The London Sketch Book : Prof. Darwin.

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Sur les traces de l’écriture : chez les sumériens

« We become what we behold. We shape our tools and then our tools shape us ». 

Nous devenons ce que nous manipulons. Nous façonnons nos outils, et ceux-ci à leur tour nous façonnent. McLuhan, Understanding media, 1964.

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Tablette archaïque sumérienne, vers 3200 av. J.-C. environ. Des pictogrammes (main, jarre, épi, palmier, champ irrigué) sont gravés dans des vignettes lisibles de gauche à droite. Les trois encoches en haut indiquent des nombres. Cette tablette en pré-cunéiforme inscrite sur calcaire poli a-t-elle valeur de salaire ? (Musée du Louvre), Lien

Nous utilisons tous les jours presque sans nous en rendre compte de multiples codes culturels. Ceux-ci nous permettent d’apprendre et de comprendre, d’échanger, de nous distraire, de travailler, de construire des outils, des machines et des bâtiments, de marquer un territoire, d’indiquer une identité. Nous lisons des mails, des SMS, des cours, romans, essais, contrats. Nous écrivons également en respectant autant que possible de pénibles orthographes et grammaires. Des codes informatiques, des monnaies, des lois, des écrits scolaires, scientifiques, artistiques et religieux font que le texte reste un des piliers des sociétés modernes. Alors que l’alphabétisation du plus grand nombre représente un défi constant, la maîtrise de la lecture, de l’écriture et du calcul offre en retour de nombreux avantages aux individus et aux sociétés.

Mais qu’est ce que l’écriture ? Vaste question. Les étymologies grecques, latines et sumériennes nous fournissent quelques pistes. En grec, graphein (γράφειν) signifie « faire des entailles », « graver des caractères », écrire, ou bien encore dessiner et peindre. Le mot se retrouve dans graver, graphe et graphique, stylographe, géographie, biographie, photographie ou stratigraphie. Les épigraphistes scrutent les supports antiques pour en faire surgir des langues et des sens. En latin, scribere, c’est “rayer avec un objet ou une pierre pointue”, puis de manière plus abstraite écrire, rédiger ou enrôler. Scripto (j’écris) se retrouve dans des mots comme inscription, description, manuscrit, transcription, circonscription, scribe et de nombreux autres. En sumérien, deux mots différents sont employés pour “écrire”. sar qui signifie encore “aller vite et droit” et hur pour “tracer des dessins” en relation avec les lignes de la main et les présages.

Pour les philosophes, dire ou écrire, c’est créer. Pourtant Platon citant Socrate (Phèdre Lettre VII) se livre à une vive critique de l’écrit. “Car, à mon avis, ce qu’il y a de terrible, Phèdre, c’est la ressemblance qu’entretient l’écriture avec la peinture. De fait, les êtres qu’engendre la peinture se tiennent debout comme s’ils étaient vivants ; mais qu’on les interroge, ils restent figés dans une pose solennelle et gardent le silence.” Brillant orateur, Edouard Herriot n’hésite pas à brocarder la parole : « Le geste part, le mot suit et parfois la pensée vient« . Dans la parole, communication verbale et non verbale forment un tout. La voix attire l’attention, émeut, explique ou demande de manière immédiate, transportée par quelque vibration de l’air et mouvement des doigts et de la main. Le texte s’en distingue car il nécessite un support, une surface dédiée, simple feuille, pièce de monnaie ou écran d’ordinateur, un médium. Et de la tablette d’argile aux médias de masse (livre, presse, radio, écrans numériques) il n’y a qu’un pas. Lire, c’est comprendre; écrire, c’est calculer, transcrire une idée, réduire l’incertitude inhérente au futur. Cependant, matérialiser une pensée sous forme de texte nécessite apprentissage et travail, l’action de la main sur un outil et l’effet de l’outil sur le support. Si la langue est le premier des biens culturels partagés, l’écriture la seconde puissamment, susceptible d’être copiée, subtilement transformée, enrichie ou bien pourquoi pas objet de jeux.

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Vermeer, Femme écrivant une lettre et sa servante, vers 1670, Lien

Ecrire certes, mais comment, pour qui et pourquoi ? La sémiologie distingue deux notions. D’un côté le signifiant, le code, le signe ou le symbole. De l’autre le signifié, la sémantique, le sens fourni par le langage. La linguistique quant à elle étudie le langage et distingue la forme, la sémantique et le contexte. Les sciences de l’information et de la communication proposent une vision plus technique, moins attachée au sens et plus aux canaux et médias utilisés. L’émetteur, le message, le médium, le canal de diffusion, le public visé (le récepteur) sont caractérisés. Le traitement automatique du langage et l’intelligence artificielle se penchent de différentes manières sur la question des textes et de leur sens. Des nuances liées à l’usage doivent être apportées. Ainsi, la liste des courses se distingue nettement de la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen. Ces deux textes partagent pourtant les mêmes caractères, une même langue et un même support papier ! Le texte peut servir d’une part de mémoire individuelle à court terme, de l’autre de mémoire collective à long terme, copié en multiples exemplaires et traduit en plusieurs langues. Discutée conjointement, remaniée, révisée, étendue, des réunions se suivent, des paragraphes fusionnent et voilà une proclamation. Tel un chromosome patiné par les forces de l’évolution, des proses, des vers ou des musiques subissent de multiples remaniements avant de trouver un aspect conforme aux attentes de l’auteur, prêt au chant ou à la publication.

Si nous nous intéressons à l’écriture, il conviendra d’écouter ce que nous en disent les primatologues, les paléoanthropologues, les archéologues, les historiens, les neurologues. Les grands singes étudiés dans la nature et au laboratoire permettent de mieux comprendre le spécifiquement humain. Ecrire nécessite l’apprentissage de longues listes de mots et de règles, une quasi immobilité soutenue face à un support, la mise à disposition d’un matériel et d’un environnement adéquat, stable dans la durée, stimulant dans la pensée. Plusieurs évolutions et révolutions semblent jalonner cette invention.

Dans cette série de billets dont voici le premier, l’étude des grands singes, l’anthropogenèse et l’hominisation seront survolés, de même que le début du néolithique et l’invention de l’agriculture. Nous nous attarderons plus longuement sur la fin de cette période qui voit l’émergence d’un réseau de cités-États dans le pays de Sumer. Nous regarderons l’apogée, le déclin et l’héritage laissé par cette civilisation née à l’embouchure du Tigre et de l’Euphrate.

Alors que les hiéroglyphes égyptiens sont déchiffrés par Champollion à partir de 1820, des tablettes d’argile écrites en cunéiforme et provenant d’Assyrie sont acquise à la même époque par des musées. Une langue antique, l’akkadien est tout d’abord comprise dès 1857, révélant un pan entier de l’histoire presque oublié. En 1920, des textes en sumérien, langue antérieure à l’akkadien et écrite en cunéiforme sont découverts à Uruk, ville nommée Erek dans le Livre de la Genèse, actuellement Warka. Ils sont datés de 3200 av. J.-C. environ. Plusieurs centaines de kilomètres en amont, sur les berges de l’Euphrate et de ses affluents, des tablettes similaires sont retrouvées lors de fouilles à Tell Brak (1937) et Habuba Kabira (1967), marques d’échanges commerciaux à longue distance, au fil du fleuve.

A la recherche de faits convaincants, de sagas inspirantes et d’étranges paradoxes, remontons les cours de l’Euphrate et du Tigre, remontons le cours du temps, suivons les routes de la culture si vous le voulez bien. Techniques et pratiques populaires, formations et informations échangées, intérêts commerciaux, travaux collectifs, décisions guerrières stratégiques, croyances partagées et activités pacifiques semblent prévaloir à de multiples innovations.

  • Destroying Cultural Heritage in Syria 2011-2017, Lien
  • Archéologie : en Irak sur les traces des Urukiens, L’OBS, C. Fleury, 2016, Lien
  • Histoire de la Mésopotamie, V. Grandpierre, Folio, 2015, Lien
  • Visible language; Inventions of writing in the ancient Middle East and beyond, C. Woods, 2015, Lien
  • Lettres d’une Assyrienne à son mari et réponse de ce dernier (XIXe siècle av. J.-C.), C. Michel, 2015, Lien
  • Le Tigre et l’Euphrate de la discorde, G. Mutin, 2003, Lien
  • Vidéo, L’histoire des Sumériens, ST, TK, JW, 2001, Lien
  • Vidéo (en), Ancient Mesopotamia, 1976, Lien
  • Nassiriya, Sumer, Sumérien, Cunéiforme, Débuts de l’écriture en Mésopotamie,
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Les aménagements et les débits mensuels à différents points de mesure du Tigre et de l’Euphrate en 2003. Des chaînes montagneuses constituent des barrières dont les sommets atteignent aisément 4000 à 5000 m.  A l’ouest s’étend le désert. A l’époque sumérienne, le littoral était proche de l’actuelle Nassirya. Des crues importantes et régulières se produisaient en avril et mai endommageant les canaux d’irrigation. Les marais fournissaient des ressources sous forme de poissons et d’élevage bovin. La plaine mésopotamienne constitue toujours un carrefour propice aux échanges tant fluviaux que maritimes ou routiers. Lien

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Sceau cylindre attribué à la période Djemdet-Nasr (3100-2900 av. J.-C.), (Musée du Louvre), Lien

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Pour les sumériens, cette barque en forme de croissant de lune orienté vers le haut est une représentation de Nanna (Sîn), divinité personnifiant la lune dont le temple principal se trouve à Ur. La même forme en croissant se retrouve dans les cornes des bovins. Nanna est invoqué afin d’assurer la fertilité des troupeaux. Les phases de la lune tout autant que le soleil rythment le calendrier sumérien. Barque en argent, tombe royale d’Ur PG789, vers 2700 av. J.-C., Lien

Traduction d’un texte sumérien

Comment les graines sont venues à Sumer

Les hommes avaient l’habitude de manger l’herbe avec leur bouche, comme des moutons. À cette époque, ils ne connaissaient pas les graines, l’orge et le lin. Enlil a fait lever ses courants d’air aux environs comme lorsqu’un cerf escalade des collines …… en terrasses. Il regarda vers le sud et vit la large mer; il regarda vers le nord et vit la montagne de cèdres aromatiques. Enlil entassa l’orge, le donna à la montagne. Il entassa la générosité de la terre, donna lorge « innuḫa » à la montagne. Il ferma l’accès à la colline grande ouverte. Il …… sa serrure, que le ciel et la terre fermèrent rapidement (?), son verrou qui …….

Faculty of Oriental Studies, University of Oxford, Lien

marshes-irak

Photos from 1967 reveal a lost culture in Iraq, National Geographic, 2015, D. Dimick, Lien

Voir aussi

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Chers fans d’archivage et de théories numériques

ArchivEngines vous souhaite une très bonne et heureuse année 2018 !

Ce billet de nouvelle année est l’occasion de saluer et de remercier pour leur confiance, leur intérêt et leurs encouragements les nombreux lecteurs français (10 588), américains (1 212), marocains (1 049), tunisiens (731) et algériens (727) de l’année 2017. Au total 18 382 vues (+ 18% par rapport à 2016).

Les nouveautés 2017 :

  • L’art de dessiner des graphes, Lien
  • Juste un tutoriel Docker, Lien
  • La communication chez les micro-organismes, Lien. Ne vous fiez pas au titre. Pour la musique, tout vient du blues. Pour nous, tout vient de là, de quelque subtile et complexe biochimie, de la Nature.
  • Intervention au colloque “Pratiques numériques” à Espeyran (Centre National du Microfilm et de la Numérisation), Lien

Autrement, vous appréciez toujours :

  • La Théorie de l’Information de Claude Shannon, Lien (publié et 2015, 5 385 vues au total)
  • Installation de Linux (Ubuntu) sous Windows à l’aide d’une machine virtuelle (VMware Player), Lien (2012, 33 218 vues au total)
  • Le gestionnaire de contenu Omeka, Lien (2012, 3161 vues au total)
  • Page d’accueil (2011, 92 386 vues au total)

Nous aborderons très prochainement le sujet de l’écriture. Qu’est-ce que l’écriture ? Parce que pour nous tout vient de là, de quelques paroles, outils et textes, de quelque histoire racontée le soir et qui nous faisait rêver.

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L’art de dessiner des graphes

“L’important n’est pas le but, mais le chemin qui y conduit.”

Lao Tseu

À priori, rien de plus facile que de tracer un graphe. Il suffit de prendre deux points et de les relier entre eux par un trait. Le point de départ et le point d’arrivée peuvent être nommés, A et B par exemple. Mais les choses se compliquent lorsque les points et les liens sont nombreux ou doivent contenir des informations supplémentaires. Un point peut être géolocalisé par exemple (Graphe 1, Graphe 2).

Maillage

Graphe 1 : Réseau géodésique français pour la réalisation de la carte d’État-major au 1/40 000 élaborée entre 1825 et 1866. http://buclermont.hypotheses.org/3231

paris-metro

Graphe 2  : Diagramme de Sankey 3D du flux de passagers dans le métro parisien par Etienne Come avec mapbox.com. http://www.comeetie.fr/galerie/sankeystif/index_map.html

Dérivé du grec ancien γράφος, gráphos « écrit ou dessiné», le graphe correspond à un ensemble de nœuds (sommets) reliés par des arêtes (arcs) qui servent de modèle pour décrire le réel et tenter d’en prédire certains comportements. Pour le mathématicien, les arbres, les chaînes, les réseaux et les cycles sont des sortes de graphes. Euler propose dès 1735 une étude pour décrire les chemins rendus possibles par les sept ponts de Königsberg desservant deux îles centrales de la cité. Il fonde ainsi la théorie des graphes, branche des mathématiques discrètes dont les applications s’étendent à de multiples domaines (Ghys 2010, Zeste de savoir 2016).

Les mathématiques proposent des abstractions si bien qu’un sommet peut symboliser n’importe quoi dans un ensemble. Classiquement, il peut s’agir d’une station de métro, d’un document d’archive ou de bibliothèque, d’une expression linguistique, d’une organisation, d’un objet, d’une molécule, d’un individu, d’une espèce, d’un composant électronique ou encore d’une table de données. Les arêtes indiquent des relations, des liens. Elles peuvent symboliser un trajet, un pont, un fleuve, une relation parentale, un lien hypertexte, une relation entre champs de tables dans une base de données. Globalement, la valeur d’un graphe dépend de sa capacité à décrire le réel et à répondre à des objectifs. Ainsi une carte routière devient plus intéressante lorsque des informations (des métadonnées) comme des limites de vitesse ou des lieux d’embouteillage sont liées aux arêtes. L’estimation de l’heure d’arrivée sera meilleure.

Lorsque les nœuds et les arêtes sont nombreux, on parle alors de réseau.  Des réseaux guident les transports des passagers et des marchandises (réseaux routiers, de voies navigables et aériennes), de l’énergie et des fluides (eau, gaz, électricité), de l’information (Internet, téléphonie, monnaie). Des réseaux sont susceptibles de montrer des dynamiques, de cohabiter, coopérer, fusionner ou bien d’entrer en compétition. Les graphes modélisent des actions guidées par des intentions, comme le montre l’arbre utilisé pour l’enseignement du secourisme (Graphe 3), la chaîne de production mise en place dans le cadre d’une fabrication automobile (Graphe 4), ou bien le graphe des flux de capitaux entre pays produisant des biens et les centres financiers offshore (Graphe 5). Basés sur l’expérience et la pratique, des graphes et des réseaux guident les jeux, l’apprentissage et l’action.

tableau-sst-1

Graphe 3 : Arbre de décision en enseignement du secourisme dans lequel les personnes et les objets sont symbolisées à l’aide de logos de couleurs significatives.

chaine_fabrication_auto

Graphe 4 : Les trois stades de la fabrication dans une chaîne automobile. Chaque avancée du produit sur la chaîne correspond à un cycle d’actions répétées localement de manière cyclique.

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Graphe 5 : Centres financiers offshore: conduits et puits dans le réseau des propriétaires d’entreprises multinationales. https://www.nature.com/articles/s41598-017-06322-9/figures/3

L’informatique

En informatique, les graphes modélisent différentes choses. Des fréquences d’horloge rythment des circuits, synchronisent l’action de composants électroniques tels que des mémoires, des circuits logiques et des réseaux de machines. Des fichiers sont stockés dans des arborescences, alors que des bases de données sont dites relationnelles, orientées graphe (Neo4J) ou bien délivrent des graphes en réponse à des requêtes du type graphe, comme dans le cas des triple stores. Des formats tels que HTML, XML, TEI ou JSON fournissent une organisation de l’information interne en arbre binaire dans laquelle des marqueurs indiquent symétriquement l’ouverture et la fermeture d’un bloc.

Penser graphe (modéliser des relations, classer, normaliser, trouver un chemin optimisé) s’avère intéressant dans plusieurs cas de figure. Il peut s’agir d’un côté de respecter des formats largement adoptés. Cette opération rend possible l’interopérabilité, c’est à dire le partage d’objets numériques et leur lecture par des outils standards comme un navigateur par exemple. Il peut s’agir encore de créer de nouveaux standards comme sont amenés à le faire le W3C et d’autres organismes. Ainsi, le langage d’API GraphQL proposé en 2012 par Facebook détrônera-t-il peut être prochainement le protocole REST actuellement en usage. Comme pour les expressions de langage ou les achats, certains aspects sociaux semblent régir l’usage des langages et des formats informatiques.

L’histoire des matériels et des logiciels peut être évoquée avec un graphe. Quoi de plus facile que de copier ou développer une information numérique, particulièrement si celle-ci est en accès libre. Ainsi, l’étonnant logiciel Gource génère à partir des logs d’un gestionnaires de code source tel que « git » la vidéo d’un arbre animé, image de l’activité des développeurs d’un projet informatique. Linux, espèce d’un nouveau genre en constante évolution, se différencie pour former un arbre du type cladogramme (Graphe 6).

linux-timeline

Graphe 6 : La frise chronologique des distributions Linux : http://telecharger-linux.roozeec.fr/2010/11/01/la-timeline-des-distributions-linux/

Gestion des connaissances

genealogie-sciences

Graphe 7 : Une distribution généalogique des sciences et des arts principaux. Encyclopédie de Diderot, 1751.

Penser graphe s’avère de nouveau utile lorsque de vastes ensembles de connaissance doivent être gérés de manière professionnelle (Graphe 7). Succédant aux entrées des grandes encyclopédies du XVIIIème siècle, les articles de Wikipédia peuvent être considérés comme des feuilles liées entre elles d’un arbre de connaissance multilingue dont l’anglais s’avère être parfois la langue la mieux renseignée.

Dans le domaine des archives, Martin Grandjean (Grandjean 2014) considère que les dossiers, collections et documents d’archives sont des éléments d’un vaste graphe de connaissance. L’archive devient alors un entrepôt de savoirs dans lequel des sources primaires servent de preuve lors d’études historiques, géographiques (Leturcq 2016), généalogiques ou sociales. Au-delà des sciences de l’information, la gestion des savoirs concerne de nombreux domaines, incluant les bibliothèques, les musées, les disciplines académiques et l’industrie.

Triplet RDF

Graphe 8 : Un triplet RDF

L’idée principale du web sémantique est que toute connaissance peut être représentée sous forme d’un triplet RDF (Resource Description Framework) dans lequel un sujet est relié à un objet par un prédicat (Graphe 8). Des opérations logiques du type inférence deviennent alors possibles sur de multiples triplets éléments d’un même graphe stockés dans un triple store ou dans une base de donnée orientée graphe. Des ontologies écrites en OWL (Langage d’ontologie du web) formalisent la nature des nœuds (sujet ou objet) et des arêtes (prédicats). Le web sémantique devient alors complémentaire des traditionnels moteurs de recherche, introduisant des syntaxes d’interrogation spécialisées comme SPARQL.

Réseaux sociaux

Tout le monde a bien conscience de faire partie de plusieurs réseaux relationnels définissant des familles, des cercles, des communautés. Des groupes d’individus partagent des liens de parenté, des liens générationnels, des émotions, des langages, des lieux, des routines, des modes de vie et des événements, bref des cultures. 

Quelques réseaux classiquement étudiés par les historiens des sciences et les sociologues s’avèrent emblématiques. La «République des Lettres» s’étend de la Renaissance au Siècle des Lumières. Un espace d’échanges épistolaire et de rencontres dans des salons et académies réunit des littéraires et des scientifiques européens autour d’idées de diffusion de la connaissance. Sont éditées alors en italien, en allemand, en français, en anglais et en russe les premières encyclopédies. Plus de 150 érudits et savants ainsi que quatre éditeurs collaborent ainsi à l’Encyclopédie ou Dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers. D’Alembert et Diderot coordonnent l’édition de l’ouvrage publié en 1751. A cette même époque effervescente en matière de mouvement des personnes et de partage des savoirs, Voltaire et Locke entretiennent une volumineuse correspondance. Leurs réseaux de correspondance sont cartographiés (Dan Edelstein, 2010, Graphe 9). 

voltaire-locke

Graphe 9 : Correspondance de Locke en bleu et de Voltaire en orange avec Palladio

Moreno propose en 1934 l’usage du sociogramme pour décrire les relations sociales entre enfants de différentes classes d’âge placés en milieu scolaire. Un graphe décrit les relations amicales. Des graphes reflètent les structures de groupe telles qu’elles se développent et évoluent dans un groupe d’écoliers en période d’apprentissage (GrandJean 2014).

En 1967,  le psychosociologue Milgram élabore la théorie du « petit monde ». Son hypothèse de départ est que tout individu habitant les États Unis est relié à un autre par un nombre de relations interpersonnelles limité, de l’ordre de 6. Une expérience dans laquelle des personnes se transmettent de main à la main un document est effectuée afin d’éprouver la théorie.

Introduit dans les années 2000, le nombre d’Erdős enfin est un indicateur bibliométrique spécifique des mathématiques. Il évalue la distance d’un auteur dans le cadre de publications conjointes à Paul Erdős, le fameux hongrois aux 1500 articles et plus de 500 collaborations, théoricien lui-même du graphe aléatoire. Structurées en cycles, arbres et réseaux interconnectés, les sociétés apparaissent plus petites que notre intuition ne le laissait penser.

Le développement rapide d’Internet, des réseaux téléphoniques et du commerce en ligne ont focalisé l’intérêt sur la question des communautés sociales, professionnelles et marchandes. Wikipédia, Google, Facebook, Twitter, Amazon, Uber, AirBnB, Meetic et d’autres deviennent des objets d’études et le graphe s’impose comme outil de représentation des données, personnes ou bien objets et produits du commerce. Les résultats d’une recherche de livres sur Amazon, ou de vidéo sur Youtube sont ainsi visualisés sous forme de graphe (Graphe 10). Pour le théoricien McLuhan, en matière d’information le « message est le medium », en matière de communication le « village est global ».

aws-graph

Graphe 10 : Recherche chez Amazon des livres en anglais relatifs à la visualisation des graphes. Exploration de vidéos sur YouTube. Les résultats sont présentés sous forme d’un graphe avec le framework javascript VivaGraphJS d’Andrei Kashcha. Changez de sujet à l’aide du formulaire situé en haut à gauche de la page.

Biologie

Terminons ce rapide tour d’horizon des graphes et de quelques unes de leurs applications par un mot de biologie. Des graphes sont utilisés pour modéliser le fonctionnement de différents appareils et systèmes chez l’homme et l’animal comme l’appareil circulatoire, respiratoire, urinaire ou le squelette. Des maladies infectieuses se propagent en suivant les logiques des réseaux sociaux (Basileu 2012). Transitant par des plaques tournantes modulaires, des réseaux de neurones transmettent un flux nerveux à la base de la pensée, de la communication et des mouvements moteurs. Les interactions entre protéines peuvent encore être décrites à l’aide de graphes, à l’aide de services web tels que Gene Cloud par exemple. Darwin confronté à l’évolution dans le temps des espèces imagine dès 1837 le cladogramme (Graphe 11), objet principal de la cladistique. 

darwin-1837

Graphe 11 : « Transmutation Notebook B » – I think, juillet 1837, Darwin, Archives de Cambridge

Art et symbolique

A quoi sert le graphe ? Tout comme le dessin, l’écriture ou une équation mathématique, le graphe est susceptible de décrire le réel voire l’imaginaire et les relations qui les constituent. Les symboliques du graphe s’avèrent multiples. Des notions comme le lien, le voyage, le pont, la porte, le passage, la gare peuvent être des éléments d’un graphe. Les notions de parenté ou de distinction, de relation, de mouvement sont alors mis en évidence. Des nœuds disposés en cercle peuvent symboliser l’égalité, l’unité, comme le propose Christopher Baker (Graphe 12).

Pour l’amateur de philosophie antique romaine, Janus est le dieu des passages et des portes. Une sculpture à deux visages fixant simultanément deux directions opposées orne les portes et passages. Janus préside aux commencements et aux fins, aux choix et au temps. En tant que dieu des transitions, il est invoqué lors des naissances et des échanges. Il se trouve fréquemment associé à Portunus, dieu des portes et des ports dont l’attribut est la clé. Le citoyen romain fait appel à ce dieu mineur lors des transactions commerciales, des voyages et des embarquements.

De nombreux types d’arbres, de buissons, de réseaux et de cycles sont évoqués dans des textes religieux (Torrens, 2013). La symbolique des réseaux apparaît également vaste et ancienne (Musso 1999) alors qu’une philosophie des réseaux intéresse certains philosophes. Arbres et cycles ne sont ils pas deux types de graphes distincts qui permettent de représenter de manières complémentaire les notions d’espace et de temps ? 

mymap_daterange

Graphe 12 : Réseau d’échange de mails par Christopher Baker (plasticien du numérique), 2007

Conclusion

Retracer des passés oubliés, optimiser des trajets, concevoir des objets, envisager des possibles, faciliter des recherches : voilà le genre de choses pour lesquelles penser, dessiner ou se laisser guider par un graphe est bienvenu. A l’artisan de trouver une représentation efficace et plaisante. Pour tracer de beaux arbres, de jolis cycles et de magnifiques réseaux quelques outils bien affûtés sont nécessaires, un soupçon de théorie, une pointe de scepticisme envers les données, la pratique d’outils adaptés.

Le web rend aisément accessible de nombreux langages informatiques et logiciels spécialisés dans la représentation des graphes, des réseaux et des cycles. Graphviz, Gephi ou Cytoscape peuvent être cités. Des frameworks javascript tels que VivaGraphJS, D3.js, vis.js ou SigmaJS méritent d’être signalés. Basé sur Node.js et D3.js notamment, le service web Palladio intéressera sans doute certains historiens. Des outils web comme jsfiddle.net facilitent les tests de frameworks javascripts. Des sociétés telles que Linkurious, Elastic (Graph) ou Amazon (Neptune) proposent des produits adaptés à des données volumineuses. Des forces de répulsion concurrentes des liens donnent à un réseau une forme et un comportement comparable à ce qui est observé dans le vivant (Graphe 13). Certains modèles s’avèrent remarquablement précis. Comme si la nature obéissait aux mathématiques, alors que celles-ci sont créées collectivement pour tenter de la comprendre. 

hb-blckhole

Graphe 13 : Graphe HB/blckhole (2121 noeuds, 6370 arêtes) d’après Andrei Kashcha, avec ViviGraphJS. http://www.yasiv.com/graphs#HB/blckhole

[A suivre…]

Webographie

Pour les curieux

Services web

Les services web rendent possible la manipulation des données, la création d’images de graphes et le test de bibliothèques javascripts à l’aide d’un simple navigateur.

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Juste un tutoriel Docker

Containeur au port de Lyon

Chargement d’un conteneur sur les quais du port fluvial de Lyon : http://www.yanngeoffray.com/photo-container/

Solomon Hykes, travaille pour DotCLoud à New-York lorsqu’il publie Docker en open-source le 13 mars 2013. Quatre ans plus tard, le succès est au rendez-vous et les contributeurs aux projets et sous-projets se comptent en milliers. Docker est une solution de virtualisation qui tourne de manière standard sous Linux dont il utilise certaines composantes. Initialement, Docker étendait le format de conteneur LXC (Linux Containers) avec une API RESTFul.  Docker se base maintenant sur une librairie propre nommée libcontainer.

Un écosystème se développe autours de l’outil incluant des services web comme DockerHub, des logiciels comme Compose, des gestionnaires comme Kubernetes, Mesos ou Docker swarm. Le mouvement informatique Devops se base sur Docker et sur les méthodes agiles pour le développement et la maintenance de nombreuses applications. Le dialogue entre développeurs et responsables des infrastructures informatiques s’en trouve grandement facilité. Mais qu’est-ce qu’un conteneur dans un environnement Linux ? Qu’est-ce qu’une image Docker et à quoi peut bien servir Docker Compose ?

Un conteneur est un système de virtualisation qui permet de faire tourner sur une machine Linux une application et ses dépendances dans un environnement indépendant du système d’exploitation. Docker comprend un client et un démon. Le client gère les commandes Docker et transmet les informations au démon qui fait le travail et retourne le résultat au client. Deux catégories principales d’objets sont ainsi manipulées : des images inactives susceptibles d’être échangées ou construites localement, et des conteneurs actifs ou ayant déjà tourné qui sont des instances des images. Les conteneurs font juste tourner des applications fonctionnelles dans un environnement Linux spécifié.

Des exemples de distribution Linux accessibles via Docker sont Debian, Linux Alpine ou Ubuntu. Un serveur comme Apache ou Nginx, un langage informatique tel que PHP, Python ou javascript/Node.js, une base de donnée comme MySQL, MariaDb, Redis ou Neo4j, un moteur de recherche comme Sphinx, ElasticSearch ou SolR, un gestionnaire de contenu tel que Drupal, WordPress ou Omeka constituent des exemples d’applications susceptibles d’être conteneurisées. Un conteneur se distingue d’une machine virtuelle par sa légèreté, par le fait que les ressources à mettre en oeuvre sont considérablement réduites, par le fait que les téléchargements sont réduits au minimum nécessaire.

La notion d’image peut être précisée. Une image est un fichier compressé qui contient une ou plusieurs couches d’autres images et une suite d’instructions. Un conteneur est créé lorsqu’une image est lancée. Plusieurs conteneurs peuvent être lancés à partir de la même image. Docker Hub https://hub.docker.com est un lieu d’échange d’images officielles et personnalisées. Tout le monde peut mettre à disposition (push) ou exploiter (pull) des images de multiples applications via cette plaque tournante en accès libre inspirée de GitHub.

Un autre outil – Docker Compose – s’avère rapidement indispensable pour orchestrer le fonctionnement de plusieurs conteneurs. Ceux-ci peuvent s’avérer nombreux car dans la pratique, il est préférable de fabriquer un conteneur par composante d’application ce qui facilite la gestion des versions, des variables et des volumes. Nous verrons dans ce tutoriel une méthode simple pour installer Docker et Docker Compose. Nous nous servirons de Docker Hub pour installer et le paramétrer un serveur Nginx tournant dans un environnement Linux alpine.

A moins de disposer de configurations récentes de Windows et Mac, Docker ne tourne nativement que sous Linux. Une machine virtuelle nommée Docker Toolbox permet néanmoins de faire fonctionner Docker et Docker Toolbox sur la plupart des systèmes d’exploitation récents Mac et Microsoft.

Docker (logiciel), LXC, Devops

  • Installer Docker sous Windows, 2016, Article
  • Docker for windows (64bit Windows 10 Pro et plus) : Article
  • Comment installer docker sur Mac OSX, 2016, Article
  • Docker for mac (macOS 10.10.3 Yosemite et plus) : Article
  • Docker usage statistics : Article
  • Docker outil indispensable du Devops, Programmez, 2017, Article

A. Installation de Docker

Sous Linux Debian, passage en mode administrateur

sudo su

Installation de Docker

apt-get install -y docker.io

Démarrage du démon Docker

/etc/init.d/docker start

Liste des commandes Docker

docker

Aide en ligne de commande sur les instructions avec –help

docker run --help

Une documentation officielle se trouve sur docs.docker.

B. Commandes Docker

Plusieurs actions sur différentes sortes d’objets sont alors possibles :

  1. Actions sur les conteneurs : attach, cp, create, diff, exec, export, kill, logs, pause, port, ps, rename, restart, rm, run, start, stats, stop, top, unpause, update, volume, wait
  2. Actions sur les images : build, commit, history, images, import, load, rmi, save, tag
  3. Echanges avec Docker Hub ou avec un entrepôt local : login, logout, pull, push, search
  4. Actions générales liées à Docker : events, info, inspect, network, node, service, swarm, version

C. Le conteneur “hello-world”

Un premier conteneur est démarré :

docker run hello-world

Plusieurs opérations se déroulent successivement avec l’instruction “run”. Si l’image du nom de “hello-world” est absente localement, celle-ci est recherchée sur Docker hub et téléchargée. Elle devient alors référencée comme image disponible dans l’entrepôt local et ne sera téléchargée ainsi qu’une seule fois. Puis le conteneur “hello-world” est lancé. Il affiche un message qui récapitule les actions du client et du démon Docker déclenchées par l’instruction “run” :

Unable to find image 'hello-world:latest' locally
latest: Pulling from library/hello-world

78445dd45222: Pull complete 
Digest: sha256:c5515758d4c5e1e838e9cd307f6c6a0d620b5e07e6f927b07d05f6d12a1ac8d7
Status: Downloaded newer image for hello-world:latest

Hello from Docker!
This message shows that your installation appears to be working correctly.

To generate this message, Docker took the following steps:
 1. The Docker client contacted the Docker daemon.
 2. The Docker daemon pulled the "hello-world" image from the Docker Hub.
 3. The Docker daemon created a new container from that image which runs the
    executable that produces the output you are currently reading.
 4. The Docker daemon streamed that output to the Docker client, which sent it
    to your terminal.

To try something more ambitious, you can run an Ubuntu container with:
 $ docker run -it ubuntu bash

Share images, automate workflows, and more with a free Docker ID:
 https://cloud.docker.com/

For more examples and ideas, visit:
 https://docs.docker.com/engine/userguide/

D. Le conteneur alpine

Alpine est une distribution Linux légère dont il est possible de télécharger l’image avec Docker. Créée en 2010, cette distribution se déclare indépendante, non commerciale, et généraliste, adaptée pour les personnes qui apprécient la sécurité, la simplicité et l’efficacité de leur système d’exploitation. Faisons tourner un conteneur alpine et entrons à l’intérieur de celui-ci pour voir ce qui s’y passe.

Alpine Linux, Linux alpine : https://alpinelinux.org/

1/ Téléchargement d’alpine

Chercher les images Alpine sur Docker Hub

docker search alpine

Téléchargement de l’image officielle

docker pull alpine

Historique de l’image alpine

docker history alpine

Affiche des images présentes localement

docker images

2/ Lancement du conteneur alpine

L’instruction “run” vérifie que l’image “alpine” est présente dans le répertoire Docker local. En cas d’absence, le téléchargement est fait. Le conteneur correspondant à l’image est ensuite lancé. La commande “ls -l” passée en argument affiche la liste des répertoires et fichiers dans l’environnement alpine.

docker run alpine ls -l

Une autre commande peut être testée.

docker run alpine echo "Salut la compagnie, ohé, ohé, ohé"

Celle-ci affiche le message : le client après avoir lancé un conteneur “alpine” fait tourner la commande “echo”. Il transmet les instructions au démon qui fournit le résultat. Entrons maintenant à l’intérieur d’un conteneur.

docker run -it alpine /bin/sh

Nous sommes à l’intérieur du conteneur alpine et pouvons entrer des commandes telles que “ls -s” ou “uname -a”. Pour la sortie : “exit”.

3/ Quelques commandes Docker

D’autres commandes que « run » s’avèrent intéressantes.  Elles sont assorties d’options parmi lesquels -i (interactif), -t (allocation d’un pseudo TTY), -d (conteneur en arrière plan, détaché), -a (all) sont souvent utilisées. Liste des conteneurs actifs, liste des conteneurs actifs et inactifs :

docker ps
docker ps -a

Arrêt d’un conteneur actif en spécifiant l’id ou le nom

docker stop 16566238781a

Suppression dans l’entrepôt d’un conteneur préalablement stoppé

docker rm 16566238781a

Liste des images

docker images

Liste des métadonnées associées à une image

docker inspect hello-world

Suppression d’une image

docker rmi hello-world

Nettoyage de tous les conteneurs inactifs et de toutes les images inutilisées

docker rm $(docker ps -a -q)
docker rmi $(docker images -q)

E. Construire son image avec Dockerfile

Des images personnalisées peuvent aussi être construites sur la base du contenu d’un fichier Dockerfile. Des commandes répondant à une syntaxe particulière spécifient des couches d’instructions qui différencient l’image produite d’une image standard. La première des commandes est FROM qui précise l’image de départ (la toile du peintre). D’autres  sont ADD, CMD, COPY, ENTRYPOINT, ENV, EXPOSE, MAINTAINER, RUN, USER, VOLUME, WORKDIR… Des volumes peuvent ainsi être montés ou copiés (ADD, COPY), des commandes Linux tournent (CMD, RUN), etc. Pourquoi ne pas se lancer avec un exemple basique ? Dans un répertoire images, édition d’un fichier Dockerfile :

mkdir images
cd images
gedit Dockerfile

Contenu de Dockerfile. L’affichage de la liste des répertoires courants d’un conteneur Linux alpine est demandé.

FROM alpine
CMD ["ls","-al"]

Construction de l’image “mon-alpine” marquée du tag latest.

docker build -t mon-alpine:latest .

Liste des images présentes dans l’entrepôt local

docker images

Lancement du conteneur “mon-alpine”.

docker run -it mon-alpine

F. Orchestrez vos applications avec Docker Compose

Les applications tournent généralement dans plusieurs conteneurs qui partagent des volumes, sont liés, démarrés ou arrêtés simultanément. Docker Compose est un outil officiel de Docker qui facilite grandement ce genre d’opérations. Docker Compose ne fait pas partie de docker.io. Son installation s’avère plus aisée en passant par les bibliothèques python accessibles via pip. Les instructions successives fournies à Docker Compose sont listées dans docker-compose.yml, un fichier au format Yaml. L’image hello-world est ici lancée avec Compose.

1/ Installation de docker-compose

apt-get -y install python-pip
pip install docker-compose

2/ Quelques instructions et aides
Vous pouvez tester quelques unes des commandes et arguments suivants :

docker-compose
docker-compose -v
docker-compose -h
docker-compose up --help
docker-compose ps
docker-compose stop
docker-compose rm

3/ Edition d’un fichier docker-compose.yml

mkdir hello-world
cd hello-world
gedit docker-compose.yml

Le fichier docker-compose.yml est créé dans le répertoire “hello-world”. Avec YAML, format respecté par ce fichier, l’indentation est significative . Le # indique un commentaire. La version 2 de docker-compose est spécifiée. Lancement d’un conteneur nommé “mon-test” à partir de l’image “hello-world”. Plutôt basique comme symphonie !

# hello-world avec docker-compose
version: "2"
services:
  mon-test:
    image: hello-world

4/ Lancement de Docker Compose

docker-compose up

Affichage :

Starting helloworld_mon-test_1
Attaching to helloworld_mon-test_1
mon-test_1  | 
mon-test_1  | Hello from Docker!
mon-test_1  | This message shows that your installation appears to be working correctly.
mon-test_1  | 
mon-test_1  | To generate this message, Docker took the following steps:
mon-test_1  |  1. The Docker client contacted the Docker daemon.
mon-test_1  |  2. The Docker daemon pulled the "hello-world" image from the Docker Hub.
mon-test_1  |  3. The Docker daemon created a new container from that image which runs the
mon-test_1  |     executable that produces the output you are currently reading.
mon-test_1  |  4. The Docker daemon streamed that output to the Docker client, which sent it
mon-test_1  |     to your terminal.
mon-test_1  | 
mon-test_1  | To try something more ambitious, you can run an Ubuntu container with:
mon-test_1  |  $ docker run -it ubuntu bash
mon-test_1  | 
mon-test_1  | Share images, automate workflows, and more with a free Docker ID:
mon-test_1  |  https://cloud.docker.com/
mon-test_1  | 
mon-test_1  | For more examples and ideas, visit:
mon-test_1  |  https://docs.docker.com/engine/userguide/
mon-test_1  | 
helloworld_mon-test_1 exited with code 0

Le conteneur “hello-world” a tourné et les commentaires s’affichent.

L’aide officielle (anglais) :

G. Un serveur nginx avec Docker

Nginx (prononcer « engine-x ») est un serveur Web open source développé originellement par Igor Sysoev pour les besoins d’un site moscovite à fort trafic. Ses objectifs en 2002 étaient de mettre au point un serveur haute performance dont la consommation en mémoire est faible comparativement à Apache. Écrit en C, le logiciel se caractérise par son architecture modulaire. Nginx devient très employé à partir de 2006, date de la traduction en anglais de la doc.

Nous allons pour conclure ce billet faire tourner un serveur Nginx avec Docker en employant trois méthodes différentes. Le système de fichier à construire est le suivant :

├── app
│   └── index.html
├── nginx
│   └── default.conf
├── Dockerfile
└── docker-compose.yml

1/ Page d’accueil de l’application

mkdir app
gedit ./app/index.html

Contenu d’index.html :

Hello world !

2/ Fichier de configuration du serveur

mkdir nginx
gedit ./nginx/default.conf

Contenu de default.conf

server {
    index index.html;
    server_name test;
    root /app;
}

3/ Fichier Dockerfile

gedit Dockerfile
FROM nginx:alpine
COPY /app /usr/share/nginx/html
COPY /nginx/default.conf /etc/nginx/conf.d/site.conf

4/ Fichier docker-compose.yml

gedit docker-compose.yml

Contenu :

# Nginx sur le port 8080
version: "2"
services:
  mon-nginx:
    image: nginx:alpine
    ports:
      - "8080:80"
    volumes:
      - ./app:/usr/share/nginx/html
      - ./nginx/default.conf:/etc/nginx/conf.d/site.conf

4/ Démarrage du conteneur

Il est souhaité que le conteneur mon-nginx contenant la dernière image stable de Nginx tourne sur le port 8080 et serve les pages web localisées sous /app. Trois méthodes différentes sont successivement employées pour cette opération.

a/ En ligne de commande
Le conteneur mon-nginx est démarré sur le port 8080 en mode détaché -d. L’option -p indique le port. L’option -v précise le montage des volumes. Attention aux chemins ! Vous devez indiquer le chemin absolu ce que se fait ici avec $(pwd).

docker run --name mon-nginx -p 8080:80 -v $(pwd)/app:/usr/share/nginx/html -v $(pwd)/nginx/default.conf:/etc/nginx/conf.d/site.conf -d nginx:stable

Le navigateur affiche « Hello World ».
http://localhost:8080/

Arrêt et suppression de ce premier conteneur « mon-nginx » :

docker stop mon-nginx
docker rm mon-nginx

b/ Avec Dockerfile

Construction d’une image nommée df-nginx avec Dockerfile

docker build . -t df-nginx

Lancé à partir de l’image df-nginx, le conteneur mon-nginx tourne en mode détaché sur le port 8080 :

docker run --name mon-nginx -d -p 8080:80 df-nginx

Le conteneur tourne-t-il correctement ?
http://localhost:8080/

Arrêt et suppression du deuxième conteneur mon-nginx, suppression de l’image df-nginx :

docker stop mon-nginx
docker rm mon-nginx
docker rmi df-nginx

c/ Avec Docker compose

Lancement d’un conteneur avec Compose. Le fichier docker-compose.yml est pris en compte. Les logs s’affichent.

docker-compose -up

Nous ne sommes pas en mode détaché: Arrêt du conteneur avec « Ctrl C ». Suppression du troisième conteneur.

docker rm mon-nginx

Quelques liens : Nginx, https://hub.docker.com/_/nginx/

Documentation Docker nginx (en) : Site

Images Omeka S avec Docker :

Conclusion

Vous disposez maintenant d’un Docker et d’un Docker Compose fonctionnels. Vous savez construire vos images et lancer de différentes manières un conteneur Linux alpine et un serveur nginx, applications optimisées pour leur faible consommation en ressources. Les choses sérieuses peuvent commencer.

A suivre avec quelque chose sur l’art…

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2 Commentaires

La communication chez les micro-organismes

Tout dans la nature est utile.

Aristote

Tout se passe un peu comme si la nature ne faisait jamais rien en vain, si bien que les êtres vivants montrent une adaptation remarquable à leur milieu. Pourtant, l’environnement terrestre ressemble plus souvent à une sévère compétition entre individus, groupes d’individus et espèces à la conquête d’un territoire qu’à un long fleuve tranquille. Mais d’autre part, des échanges spécifiques et inter-spécifiques rendent parfois possible la recherche d’intérêts partagés. La lutte pour l’existence voisine avec l’aide mutuelle et la coopération, voire la symbiose.

Parmi les petits animaux, Aristote s’intéresse longuement à l’abeille et à son organisation sociale qu’il considère être un modèle des sociétés humaines. Le premier des scientifiques voit en l’abeille un animal divin, capable d’une pensée collective et politique, donc doué de calcul, de mémoire et de communication. Mais diminuons encore la taille de l’organisme et passons au présent. Comment de microscopiques êtres vivants transmettent ils l’information ?

De récentes découvertes montrent que les micro-organismes (bactérie, virus et autres) disposent de systèmes biochimiques et de canaux spécialisés dans la communication. Les membres d’une colonie “parlent” entre eux : ils votent. Plus précisément, ils sont programmés pour organiser de manière cyclique des échanges d’information dont les mécanismes s’apparentent quelque peu à ce que l’homme appelle un référendum. Des molécules biochimiques constituent des sortes de micro-langages qui déclenchent des comportements particuliers. Les bactéries construisent encore des réseaux sociaux qui leur permettent d’échanger de manière plus ou moins ciblée des éléments nutritifs de même que des molécules porteuses d’informations. 

Lutte pour l’existence (en), Anthropomorphisme, Microbiote

Aristote et le monde de la Ruche, Simon Byl, 1978, Article

La symbiose calmar-bactérie bioluminescente

Indépendants des mécanismes de reproduction et de transfert d’ADN, des phénomènes de communication concernent les colonies bactériennes. Des “comportements de groupe” sont induits par des messages moléculaires que les bactéries échangent entre elles. La détection du quorum (quorum sensing) est mise en évidence en 1985 chez Vibrio fischeri, une bactérie responsable de la bioluminescence du calmar Euprymna scolopes.

Ce petit mollusque vit la journée enfoui dans le sable des eaux peu profondes d’Hawaï. Il est actif la nuit et sa bioluminescence permet au calmar d’effacer l’ombre projetée sur les fonds par les faibles lumières nocturnes et d’échapper ainsi aux prédateurs. Un nuage de bactéries bioluminescentes peut être brusquement lâché en cas de prédation. Côté Vibrio fischeri, la vie en symbiose au niveau d’organes spécifiques offre des avantages en matière de reproduction. La N-acyle homosérine lactone (NAHL) est sécrétée par les micro-organismes et diffuse à travers la paroi bactérienne. Une augmentation de la concentration de cette molécule conduit au déclenchement de la bioluminescence.

Vibrio fischeri

Photo de gauche, le calmar Euprymna scolopes, à droite une colonie bioluminescente de Vibrio fischeri, ainsi que la paroi bien différenciée du mollusque au niveau de laquelle s’effectue des échanges interspécifiques : Site

Les aspects génétiques du phénomène sont maintenant bien connus. Présent sur le deuxième chromosome de Vibrio, l’opéron luxICDABEG rassemble une batterie de gènes qui s’exprime de concert. Deux autres systèmes de quorum viennent stimuler l’expression de l’enzyme luciférase responsable de l’émission de photons. De plus, la bactérie Vibrio fischeri vit en symbiose avec de nombreux autres mollusques et poissons qui utilisent sa bioluminescence. 

Au-delà de Vibrio fischeri, la détection du quorum s’avère être un mécanisme général, commun à différentes espèces bactériennes. De multiples molécules jouent le rôle de messager pour réguler différents phénomènes visibles au niveau macroscopique. Des “comportements de groupe” induits par des sortes de langages bactériens incluent la virulence, la formation de bio-films, la production d’antibiotiques, la conjugaison, la sporulation ou la compétence. La détection du quorum est un domaine de recherche particulièrement actif en microbiologie, avec des applications possibles dans les domaines de l’industrie, de la pharmacie, voire des loisirs.

Auto-induction de la bioluminescence et symbiose

Détection du quorum, Aliivibrio fischeri, Euprymna scolopes, Luciférase

  • Shedding light on bioluminescence regulation in Vibrio fischeri, 2012, Madison, USA, Article
  • Chemicals promoting the growth of N-acylhomoserine lactone-degrading bacteria, 2013, France, CNRS, Brevet
  • http://www.glowee.fr/

Réseau social chez les bactéries

Evidemment, pour que la communication chez les bactéries soit plus efficace, il conviendrait qu’une sorte de réseau existe, basé sur la diffusion de messages d’information via un canal. Des nanotubes sont effectivement mis en évidence. Ils rendent possible à la fois l’échange de nourriture et l’échange de molécules porteuses d’informations incluant des acides nucléiques.

Pilus (en)

  • Intercellular Nanotubes Mediate Bacterial Communication, 2011, Paris, France, Article

nanotube

Le choix de la lyse chez le bactériophage tempéré

Les virus dont la taille est de l’ordre du micron se situent aux frontières du vivant. Un système de communication similaire vient d’être mis en évidence : un message guide les décisions de lyse ou de lysogénie. Tout se passe “comme si” les bactériophages tempérés étaient capables d’exploiter à leur profit ou bien au contraire de préserver leur hôte. Deux possibilités existent pour le virus : se multiplier à l’identique en grand nombre et provoquer la lyse de l’hôte ou bien rester silencieux, intégré au génome bactérien en préservant l’hôte. 

Lyse et lysogénie chez le bactériophage

Lyse et lysogénie chez le bactériophage : Article

Un peptide de six acides aminés régule par sa présence ou son absence le choix de la lyse ou de la lysogénie. Il est nommé «arbitrium» du mot latin signifiant décision et est schématisé en jaune dans le schéma ci-dessous. 

Modèle mécaniste des décisions de lyse-lysogénie basées sur la communication, extrait de l’article de Nature.

Modèle mécaniste des décisions de lyse-lysogénie basées sur la communication : Article

Dans un premier temps (à gauche : figure a et figure b) le virus en bleu infecte la cellule hôte en injectant son ADN. Trois gènes viraux rendent possible la communication. Ils codent respectivement pour :

  1. Le récepteur du peptide (gène aimR, Protéine R, en rouge), qui interagit doublement et de manière compétitive avec une partie régulatrice de la transcription et avec le peptide de communication.
  2. Le peptide de communication (gène aimP, pre-pro-peptide et peptide arbitrium, en jaune)
  3. Le régulateur de la lyse (gène aimX, ARN régulateur de la lyse, en vert).

Lors des premières infections, l’arbitrium est produit de manière intracellulaire en grande quantité sous forme d’arbitrium pré-pro-peptide. Il est libéré dans le milieu et rendu mature par action d’une protéase membranaire bactérienne, en mauve. Pendant ce temps, à l’intérieur de la cellule, la Protéine R se complexe au gène régulateur positif de la lyse aimX. L’ARN est exprimé. Il déclenche la formation de virus et finalement la lyse de l’hôte.

En présence d’arbitrium en concentration suffisante dans le milieu (à droite : figure a et figure c), la protéine membranaire OPP bactérienne spécialisée dans le transport des oligopeptides (tuyau gris sur la figure c) capte le peptide d’origine virale. Le récepteur R se complexe à l’arbitrium ce qui inhibe l’expression du gène aimX. La lyse est inhibée et la lysogénie s’ensuit. Le virus survit alors de manière silencieuse, intégré au génome de l’hôte sous forme de prophage. L’hôte est protégé jusqu’à ce que le virus entre de nouveau en phase lytique. La présence du message conduit à un comportement synchrone de l’ensemble des virus présents en un lieu donné.

L’équipe de recherche à l’origine de l’étude a trouvé plus de cent différents systèmes de communication viraux, actifs principalement chez Bacillus. La question de l’application de la communication virale à la production de molécules antivirales reste un sujet ouvert.

Bacillus, Bactériophage, Spbetalikevirus, Cycle lytique, Lysogénie, Prophage

  • Communication between viruses guides lysis–lysogeny decisions, R. Sorek et Al., 2017, Rehovot, Israel, Article
  • Do you speak virus? Phages caught sending chemical messages, E. Callaway, Nature news, 2017, Article
  • Communication between virus-infected cells, Virology blog, V. Racaniello, 2017, Article

Conclusion

Comment une multitude d’organismes du plus petit au plus grand s’y prend elle pour défier la flèche du temps ? Quelles fonctions s’avèrent nécessaire ? Quel rôles respectifs jouent la prédation, la reproduction et la communication ? Nous ne le savons pas vraiment. 

Horizontal-gene-transfer

Au niveau microscopique, l’ADN brassé de multiples manières joue le rôle de système d’information, capable de déclencher des actions logiques en fonction du stade de développement et des variations de l’environnement, et d’en conserver une trace inscrite. Des éléments génétiques mobiles sont le moteur d’une certaine plasticité des génomes. Des actions individuelles d’une part et collectives d’autre part se produisent au sein d’écosystèmes de tailles variées dans lesquelles des communication intra et inter-spécifique joue un rôle probablement majeur.

Des interactions hôte-microbe conduisent selon les cas à des symbioses, à des toxicité ou à des infections. Ainsi, les eucaryotes ont intégré de longue date les mitochondries et chloroplastes d’origine bactérienne pour réaliser une endo-symbiose avantageuse. Les virus et divers pathogènes jouent également le rôle de vecteur. Des centaines de gènes sur les 20412 (en 2017) de l’espèce humaine résultent d’un transfert horizontal de gène survenu à des périodes plus ou moins récentes de l’évolution. 

Pour de multiples organismes adaptés à l’environnement au fil du temps, l’information (génétique, environnementale, sociale) induit l’action. Le produit de l’action est possiblement encodé en retour en information. En matière de communication, des choix microscopiques collectifs médiés par un signal préfigurent peut être la transduction du signal observée chez les organismes pluricellulaires, les fonctionnements des hormones. 

Les traces de ce petit peuple étrange que constituent les bactéries, les virus et autres éléments mobiles sont inscrites en nous et nous influencent de multiples manières sans que nous en ayons conscience. Plus encore, nous partageons avec eux des séquences, des gènes et des fonctions. Traces multiples d’ancêtres communs doués de communication et aujourd’hui disparus.

Eucaryote, Multicellular organism (en), Théorie synthétique de l’évolutionTransfert horizontal de gènes, Théorie endosymbiotique, ÉpigénétiqueThéorie de l’informationHistoire de la pensée évolutionniste

  • Evogeneao: The Tree of Life Explorer : Site
  • Evolution biologique : Eléments mobiles, Article
  • Les humains sont apparentés aux virus, C. Gilbert, Article
  • Inter-kingdom signalling: communication between bacteria and their hosts, 2009, Article
  • Expression of multiple horizontally acquired genes is a hallmark of both vertebrate and invertebrate genomes, 2015, Cambridge, UK, Article
  • Epigenetic Inheritance and Its Role in Evolutionary Biology: Re-Evaluation and New Perspectives, 2016, Texas, USA, Article
  • Widespread of horizontal gene transfer in the human genome, 2017, Shanghai, Chine, Article
  • Joël Bockaert – La communication du vivant : de la bactérie à Internet, 2017, Vidéo

 

virus-joke

Bah ! Nous étions « nano » avant qu’il soit cool d’être « nano » ! : Site

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